酵素食品發展于世界已有上百年的歷史，若要追索源頭，最早應起源于中國的傳統食品的發酵技術，比如我們中國的黃豆醬。后來，酵素在日本得以發展、近年來臺灣因為水果優勢，酵素產業的推廣和普及取得了充足的發展。

那么會有人問，黃豆醬和泡菜是酵素嗎？一般來說，他們屬于發酵食品。符合衛生食品條件基礎上發酵的食品，不僅美味，而且營養全面，容易被人體所吸收。例如，酒、醋、醬油、榨菜都可稱為發酵食品。

發酵技術源遠流長，自古就有夏禹時期的釀酒方法，但一般意義上而言，真正意義的酵素制作方法是20世紀80年代開始的，是美國和德國共同研制的。

嚴格來說，釀酒、制醋、做饅頭、面包，都是制作酵素，采用發酵技術，但釀酒等發酵技術簡單，只需采用單一的菌種發酵就可以，一般作坊，家庭都可制作。而酵素的發酵技術高，需要加入多種微生物進行發酵，并把發酵物裂解成小分子的納米狀態。在發酵食材和時間上都非常的講究，在發酵溫度、調配方式都有嚴格的要求。任何一個環節問題，均可會帶來不利的后果，關系重大。制作酵素營養豐富，可以被身體盡快的吸收。

自1985年愛德華賀威爾博士發現酵素與人類壽命及健康的關鍵密碼以來，各國各界的人們開始重視酵素食品的攝取，并熱衷于酵素食品的養生理念。

如今，酵素食品在日本、臺灣已經發展成相當成熟的產業。形態豐富、多樣的酵素類產品讓食用酵素成為了日本人、臺灣人認可的健康習慣。酵素自2007年進入中國市場不斷穩步發展，尤其是近兩三年酵素在中國市場持續升溫。

據調查，目前酵素食品在日本一年可達1000 億日元的消費額。2012年全球酵素市場達到50億美元規模，其中食品用酵素年成長率7％以上，而衍生的酵素概念商品更是滲透至絕大多數食品業。學者指出，微生物發酵技術雖是最古老的生物技術，卻也是對人類生命與健康最務實、最有效的生物科技。